StitchM

StitchM将Cockpit（Micron）拍摄的拼图图像拼接成通用可读格式，目前为'.ome.tiff'。

拼接拼图时，当前输出为16位灰度图像。可以从Cockpit导出的标记可以作为矩形ROI添加到图像头中存储的OME元数据。可以使用FIJI/ImageJ中的bioformats导入和显示ROI。

安装

使用pip： python -m pip install StitchM 可在 PyPI 和 conda-forge 上找到。要使用conda-forge，您可能需要按照以下说明设置conda：此处。

使用StitchM

• 命令行脚本界面（通过 StitchM 或 stitchm 访问，使用 --help 参数获取更多信息）
• 拖放快捷方式（使用 StitchM setup --windows-shortcut 创建），如果拖动一起处理拼图.txt文件和可选的标记文件，但不能批量处理目录
• 模块入口点（python -m stitch_m），它接受任何顺序的拼图和标记文件路径
• 导入的包：import stitch_m 或 from stitch_m import stitch_and_save, stitch, save

动机

制作一个可以轻松查看并可用于与单独的网格图像（使用gridSNAP）自动对齐的马赛克图像。

功能

• 从Cockpit保存的拼图.txt文件创建OME-TIFF文件，该文件链接到.mrc文件
  • OME元数据
  • 轻微曝光裁剪以去除极端高光
  • 图像归一化以适应数据类型
  • 可选过滤以去除荧光图像（默认值可以在配置文件中更改）
• 支持通过包含标记的.txt文件将感兴趣区域（ROI）添加到元数据中，这些标记可以从Cockpit中保存。
• 可以通过编辑用户配置文件（使用StitchM setup --config创建）来更改各种默认行为。

版权

StitchM遵循BSD许可，请参阅LICENSE文件。版权所有（c）2019-2021，Diamond Light Source Ltd。保留所有权利。

附加信息

StitchM使用OME元数据。

由于Cockpit创建图像和相关文件，因此该软件的创建也参考了Cockpit。Cockpit遵循GNU许可，可在https://github.com/MicronOxford/cockpit找到。