PyReshaper 1.1.1

概述

PyReshaper是一个将时间切片（或历史文件或合成）格式的NetCDF文件转换为时间序列（或单场）格式的工具。PyReshaper软件包设计为并行（MPI）运行以最大化性能，并行性是在变量上实现的（即任务并行性）。这意味着给定操作的可实现的最大并行性是每个时间切片NetCDF文件中的每个变量一个核心/处理器。

依赖项

PyReshaper直接依赖于ASAP Python工具箱（ASAPTools）和PyNIO或netcdf4-python。通过PyNIO或netcdf4-python访问和操作NetCDF文件，并使用ASAPTools SimpleComm实现并行性，该工具使用mpi4py。由于这些直接依赖，存在隐式依赖。

PyReshaper明确依赖于以下Python软件包

• PyNIO（v1.5+）或netCDF4-python（v1.2+）

• ASAPPyTools（v0.4+）

这些软件包隐式地依赖于NumPy（v1.4+）和mpi4py（v1.3+）软件包以及NetCDF和MPI/MPI-2库。

版本要求尚未经过严格的测试，因此早期版本可能实际上也能工作。然而，在安装过程中并未指定版本要求，如果已安装这些软件包的早期版本，则可能存在问题。

使用 PIP 简单安装

从 Python 包索引（PyPI）使用 pip 包管理器是安装 ASAP Python 工具箱最容易的方法。

$  pip install [--user] PyReshaper

可以使用可选的 ‘–user’ 参数将软件包安装到本地用户的目录中，这对于没有 root 权限的用户非常有用。

然而，需要注意的是，PyPI 软件包可能并不总是最新的。我们建议从下面章节中所示的 GitHub 网站获取 PyReshaper 的最新版本。

获取源代码

目前，最新的开发源代码可以通过 git 从该网站获取。

https://github.com/NCAR/PyReshaper

然后，您可以检出最新的稳定标签。源代码对所有人均以只读模式提供。欢迎开发者更新源代码并通过 GitHub 提交拉取请求。

从源代码构建和安装

PyReshaper 的安装非常简单。从上面的 svn 链接检出源代码后，通过

$ git clone https://github.com/NCAR/PyReshaper

进入新克隆的目录

$ cd PyReshaper

然后，运行 Python setuptools setup 脚本。在 Unix 上，这涉及到

$  python setup.py install [--prefix=/path/to/install/location]

前缀是可选的，因为默认前缀通常是 Linux 机器上的 /usr/local。但是，您必须具有写入前缀位置的权限，因此您可能希望选择您具有写入权限的前缀位置。像大多数 distutils 安装一样，您也可以使用 ‘–user’ 选项安装 PyReshaper，这将自动选择（如果不存在则创建）用于安装的 $HOME/.local 目录。为此，请输入（在 Unix 机器上）

$  python setup.py install --user

这很有用，因为 site-packages 目录对于所有用户安装都是通用的，因此只需将其添加到 PYTHONPATH 中一次即可。

在开始使用 PyReshaper 软件包之前

在可以使用 PyReshaper 软件包之前，您必须确保包含 'pyreshaper' 源目录的 site-packages 目录位于您的 PYTHONPATH 中。根据安装过程中使用的 PREFIX，此路径将是

$PREFIX/lib/python2.X/site-packages

其中 X 将取决于您安装软件包时使用的 Python 版本（6 或 7 或其他）。

要使用 PyReshaper 脚本（例如，'s2smake' 和 's2srun'），您必须将脚本二进制目录添加到您的 PATH 中。根据安装过程中使用的 PREFIX，此路径将是

$PREFIX/bin/

一旦将脚本二进制目录添加到您的 PATH 中，并将 site-packages 目录添加到您的 PYTHONPATH 中，您就可以无忧地使用 PyReshaper 软件包。

说明和使用

请参阅 docs/ 目录中的更详细说明以获取使用和示例。有关如何使用 Sphinx 构建文档，请参阅“从源代码构建和安装”部分。