质谱分析Python工具包
项目描述
质谱分析Python工具包
文档 |
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测试 |
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PyPI |
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Anaconda |
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活动 |
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质量保证 |
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其他 |
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PyMassSpec是一个Python包，用于处理气相色谱-质谱数据。PyMassSpec提供了一个框架和一系列组件，用于快速开发和测试色谱-质谱数据处理方法。PyMassSpec可以通过Python外壳、Jupyter Notebook或脚本进行交互式使用，当需要在批量模式下进行数据处理时，可以将函数收集到脚本中。
从原始PyMS仓库https://github.com/ma-bio21/pyms派生。最初由Andrew Isaac、Sean O’Callaghan和Vladimir Likić创建。原始出版物可在此处找到：https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-13-115
该项目似乎自2017年以来没有任何活动，因此可能已被放弃。
PyMassSpec项目
PyMassSpec的目录结构如下
/
├── pyms: The PyMassSpec code
│
├── pyms-data: Example GC-MS data files
│
├── pyms-demo: Examples of how to use PyMassSpec
│
├── tests: pytest tests
│
└── doc-source: Sphinx source for documentation功能
安装
可以使用以下命令安装PyMassSpec
$ pip --user install PyMassSpec这还将安装以下依赖项
numpy >= 1.16.2
scipy >= 1.2.1
pymzml >= 2.2.1
matplotlib >= 3.0.2
openpyxl >= 2.6.2
netCDF4 >= 1.5.0
biopython >= 1.74
deprecation >= 2.0.6如果已安装，PyMassSpec还可以使用‘mpi4py’。有关更多信息，请参阅https://mpi4py.readthedocs.io/en/stable/
用法
本用户指南的后续章节中提供了一个详细说明PyMassSpec各种功能的教程。交互式执行的命令根据示例分组，可以在此处找到。
PyMassSpec文档和示例中使用的数据可在此处找到。
在“演示和示例”部分，每个示例都对应一个页面，用章节编号编码（例如，“pyms-demo/20a/”对应第2章的示例20a）。
每个示例都有一个名为“proc.py”的脚本，其中包含示例中给出的命令。可以使用以下命令运行这些脚本
$ python3 proc.py示例处理GC-MS数据
下载文件gc01_0812_066.jdx并将其保存在文件夹data中。此文件包含JCAMP-DX格式的GC-MS数据。
首先加载原始数据
>>> from pyms.GCMS.IO.JCAMP import JCAMP_reader >>> jcamp_file = "data/gc01_0812_066.jdx" >>> data = JCAMP_reader(jcamp_file) -> Reading JCAMP file 'Data/gc01_0812_066.jdx' >>> data <pyms.GCMS.Class.GCMS_data at 0x7f3ec77da0b8>
然后通过数据分箱构建强度矩阵对象
>>> from pyms.IntensityMatrix import build_intensity_matrix_i >>> im = build_intensity_matrix_i(data)
在这个例子中，我们展示了如何获取新创建的强度矩阵的维度，然后遍历所有离子色谱图，并对每个离子色谱图应用Savitzky-Golay噪声滤波和tohat基线校正
>>> n_scan, n_mz = im.size
>>> from pyms.Noise.SavitzkyGolay import savitzky_golay
>>> from pyms.TopHat import tophat
>>> for ii in range(n_mz):
... print("working on IC", ii)
... ic = im.get_ic_at_index(ii)
... ic1 = savitzky_golay(ic)
... ic_smooth = savitzky_golay(ic1)
... ic_base = tophat(ic_smooth, struct="1.5m")
... im.set_ic_at_index(ii, ic_base)
将结果噪声和基线校正的离子色谱图保存回强度矩阵。
更多示例可在文档中找到
贡献
欢迎贡献。在提交拉取请求之前，请确保覆盖率至少为
有关更多信息，请参阅为PyMassSpec做出贡献部分
许可
PyMassSpec是免费和开源软件，在GNU通用公共许可证第2版下发布。
问题
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