Python图像序列
项目描述
pims: Python Image Sequence
PIMS解决了什么问题？
科学视频可以以多种方式打包：熟悉的视频格式，如.AVI和.MOV，充满编号图像的文件夹，或TIFF图像的“堆栈”。每种都需要一个单独的Python模块。一旦加载，它们就有不同的方法来访问单个图像、批量遍历图像、访问特定范围或处理多维文件。
pims支持以下格式
- 静态图像的目录或zip文件（包括TIFF、JPEG、PNG、BMP等大多数格式）和TIFF堆栈
- 由Bio-formats项目支持的显微镜图像，包括Leica、Nikon、Olympus和Zeiss格式。需要单独安装；见下文。
- 由ffmpeg支持的影片格式和编解码器，包括AVI、QuickTime MOV和H.264（MP4）。可能需要单独安装；见下文。
- 来自Vision Research相机的CINE文件
- 来自NorPix StreamPix软件的SEQ文件
PIMS基于以下阅读器的实现
- scikit-image
- ffmpeg和PyAV（支持AVI、MOV等视频格式）
- jpype（与Bio-formats的接口）
- Pillow（改进的TIFF支持）
- tifffile（替代的TIFF支持）
- pims_nd2（改进的Nikon .nd2支持）
- imageio（一个多用途的读取器包，支持读取和写入许多格式）
- moviepy（一个支持视频编辑的Python模块）
- nd2reader（一个用于读取Nikon NIS Elements ND2图像和元数据的纯Python模块）
示例 & 文档
所有内容都在这个IPython笔记本中进行了演示。
阅读文档以获取安装说明、示例和进一步参考。
主要贡献者
- Daniel Allan 创始贡献者，切片和迭代逻辑，基本读取器，显示工具
- Thomas Caswell 主要重构，抽象基类
- Casper van der Wel bioformats读取器，显示工具
- Thomas Dimiduk 文件类型检测调度逻辑
支持
本软件包部分由Daniel Allan开发，作为他在约翰霍普金斯大学巴尔的摩分校Robert L. Leheny小组进行微流变博士论文研究工作的一部分。这项工作得到了美国国家科学基金会（NSF）的资助，资助号为CBET-1033985。后续工作得到了布鲁克海文国家实验室的支持。Dan可以通过dallan@bnl.gov联系。
本软件包部分由Thomas A Caswell开发，作为他在芝加哥大学Sidney R Nagel和Margaret L Gardel小组进行博士论文研究工作的一部分。这项工作得到了美国国家科学基金会（NSF）的部分资助，资助号为DMR-1105145和NSF-MRSEC DMR-0820054。后续工作得到了布鲁克海文国家实验室的支持。Tom可以通过tcaswell@gmail.com联系。
本软件包部分由Casper van der Wel开发，作为他在荷兰莱顿大学物理学研究所Huygens-Kamerlingh-Onnes实验室Daniela Kraft小组进行博士论文研究工作的一部分。这项工作得到了荷兰科学研究组织（NWO/OCW）的支持。
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pims-0.7.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 55907a4c301256086d2aa4e34a5361b9109f24e375c2071e1117b9491e82946b |
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| MD5 | 663b9b4f502678c255ef28cb23f6aab0 |
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| BLAKE2b-256 | b8025bf3639f5b77e9b183011c08541c5039ba3d04f5316c70312b48a8e003a9 |