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Orange生物信息学插件,用于Orange数据挖掘软件包。

项目描述

Orange 生物信息学扩展了Orange数据挖掘软件包,添加了生物信息学中常用的功能。这些功能可以通过Python库或通过可视化编程界面(Orange Canvas)访问。后者也适合非程序员使用。

在Orange Canvas中,分析师将基本计算单元(称为小部件)连接成数据分析方案。如果两个单元小部件具有相同的数据类型,则可以将它们连接起来。与Taverna等流行工具相比,Orange小部件是高级的、集成的,可以处理复杂的任务,但足够具体,可以独立使用。即使是复杂的分析也很少超过十个小部件;而聚类和富集分析等任务可以使用多达五个小部件执行。在构建方案时,每个小部件都可以独立控制,设置不会在概念上给分析师带来负担。

Orange 生物信息学提供了访问公开数据的功能,例如 GEO 数据集、Biomart、GO、KEGG、Atlas、ArrayExpress 和 PIPAx 数据库。在分析方面,包括基因选择、质量控制、使用多个因素测量实验之间的距离。所有功能都可以与Orange数据挖掘框架中的强大可视化、网络探索和数据挖掘技术相结合。

文档:http://orange-bioinformatics.readthedocs.org/