形态修复工具
项目描述
NeuroR
简介
NeuroR是一组修复形态的工具。
您可以在MyBinder上尝试NeuroR的功能
切割平面检测 -
形态修复 -
致谢
本软件的开发得到了瑞士政府联邦理工学院董事会（ETH Board）对洛桑联邦理工学院（EPFL）的研究中心Blue Brain Project的资助支持。
本工作部分由欧盟“地平线2020”研究与创新框架计划资助，具体协议编号为720270、785907（人脑项目SGA1/SGA2），以及由EBRAINS研究基础设施资助，该基础设施由欧盟“地平线2020”研究与创新框架计划资助，具体协议编号为945539（人脑项目SGA3）。
引用
使用以下DOI引用NeuroR:
NeuroR实现了以下论文中讨论的方法
Anwar H.，Riachi I.，Schürmann F.，Markram H. (2009)。“一种捕捉神经元形态多样性的方法”，见计算神经科学：实验者的现实主义建模，由De Schutter E.编辑。（剑桥：麻省理工学院出版社）211–232
使用NeuroR进行形态修复
目前有三种修复类型，如下所述。
净化
这是净化形态文件的过程。目前
确保它可以由MorphIO加载
如果形态没有细胞体或格式无效，则抛出异常
删除单分支
将负直径设置为0
如果形态的轴突类型在途中发生变化，则抛出异常
删除长度接近零的段（小于1e-4）
注意：未来可能还会添加更多功能
切割平面修复
切割平面修复旨在重新生长细胞在实验切片时被切掉的部分。
neuror cut-plane repair 包含执行此修复的CLIs集合。
此外，还有用于切割平面检测并将检测到的切割平面写入JSON文件的CLIs
如果切割平面与X、Y或Z轴之一对齐，则可以使用CLIs自动进行切割平面检测
neuror cut-plane file
neuror cut-plane folder如果切割平面不在X、Y或Z轴上，则必须通过以下CLI启动的辅助Web应用程序进行检测
neuror cut-plane hint展开
展开是“拉伸”由于切片脱水而缩小的细胞的行为。
展开CLI子组是
neuror unravel展开算法可以描述如下
迭代地展开段。
每个段的方向被周围滑动窗口中此段平均方向替换。
保留原始段长度。
新段起始位置是最新展开段的末端。
安装
NeuroR作为PyPi上可用的Python包进行分发
$ pip install --pre neuror[plotly]注意：NeuroR依赖于NeuroM的实验性版本2，因此需要使用--pre选项。
仅支持Python 3.6及以上版本。
在运行pip install之前，我们建议在虚拟环境中更新pip，除非您有充分的理由不这么做。
$ pip install --upgrade pip setuptools贡献
如果您想改进项目或看到任何问题，欢迎所有贡献。请查看贡献指南以获取更多信息。
许可
NeuroR在GNU通用公共许可证第3版条款下许可。请参阅COPYING.LESSER和COPYING以获取详细信息。
版权（c）2019-2024蓝脑项目/EPFL
NeuroR-1.7.0.tar.gz 的散列
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 04394b0e604178b68250e01967568d07dea353f1a3b27c97119229997929a111 |
|
| MD5 | 624c43a53764e542797dd3026fefd482 |
|
| BLAKE2b-256 | a0ebb4dafd7dcd973779d6b49aac5e3f9da28c64b33d1d3bc1dfd20b7356248e |
