一个使用分子动力学模拟计算溶剂化/水分配系数的库
项目描述
MDPOW是一个Python包，通过分子动力学（MD）模拟自动化计算溶剂化自由能。特别是，它简化了分配系数的计算。目前实现
水-辛醇分配系数（POW）
水-环己烷分配系数（PCW）
计算使用Gromacs MD软件包进行[1]。目前支持OPLS-AA、CHARMM/CGENFF和AMBER/GAFF参数。
作为输入，用户只需要提供结构文件（PDB或GRO）和包含小分子参数化（例如来自LigandBook或ParamChem）的Gromacs ITP文件。
文档
安装
请参阅 安装指南 获取详细信息。MDPOW 目前支持并经过测试，与 Python 3.7 到 3.9 版本兼容。
您还需要 Gromacs（目前测试版本为 4.6.5、2018、2020、2021，但 2016 和 2019 版本也应能工作）。
开发版本
如果您想安装开发版本，从 GitHub 获取源代码（开发分支）
git clone https://github.com/Becksteinlab/MDPOW.git
并从已签出的源代码进行安装
pip install MDPOW/
（注意最后的正斜杠 / 以指示目录。）
源代码
MDPOW 是开源软件，在 GNU 通用公共许可证 v3 下发布。源代码可在 https://github.com/Becksteinlab/MDPOW 获取。
脚注
下载文件
下载适用于您的平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解有关 安装软件包 的更多信息。
源代码分布
MDPOW-0.8.0.tar.gz (3.1 MB 查看散列值)
构建分布
MDPOW-0.8.0-py3-none-any.whl (2.8 MB 查看散列值)
关闭
MDPOW-0.8.0.tar.gz 的散列值
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 45aa50ea2a481b58a6695c7baf28c7775e416be156be801953a3ed3748a42b0a |
|
| MD5 | 878f37860b4f3ab5a7e42e03deb4047a |
|
| BLAKE2b-256 | 2b8517b8ef67d682f63216b126dd26f04213fccb9809d1eb4a0b2baf9a0df3ff |
关闭
MDPOW-0.8.0-py3-none-any.whl 的散列值
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 7d72b586947bfca2eb34c1f6feb09ed5af10cc27ea79236e6836c9ab3a581a5a |
|
| MD5 | eef5030794f25dbedbfdf77204069c6b |
|
| BLAKE2b-256 | 319ec6a92743fcc546b998aba132e67a61ff0bd11f7e48056fa2042410e1e3ee |
