LHCb Conda Wrappers

为安装在CVMFS上的conda环境提供访问的包装脚本。

标准用法

提供的主要环境名为default，旨在为在标准LHCb软件堆栈之外执行的分析提供大多数所需软件工具。这包括Python 3的最新版本、ROOT、Snakemake、jupyterlab、matplotlib、scikit-learn、tensorflow等。

基本用法

可以使用lb-conda命令激活环境，该命令与lb-run类似。要启动默认环境中的bash shell，请运行

$ lb-conda default bash
[bash-5.0]$ python --version
Python 3.7.6
[bash-5.0]$ root --version
ROOT Version: 6.20/04
Built for linuxx8664gcc on Apr 20 2020, 15:03:00
From @

可以直接使用其他命令

$ lb-conda default python -c 'import math; print(math.sqrt(2))'
1.4142135623730951

包括texlive

由于它的大小庞大，任何环境中都不包含完全功能的texlive安装，但可以通过传递--texlive参数来添加一个。

$ lb-conda --texlive default latex --version
pdfTeX 3.14159265-2.6-1.40.21 (TeX Live 2020)
kpathsea version 6.3.2
Copyright 2020 Han The Thanh (pdfTeX) et al.
There is NO warranty.  Redistribution of this software is
covered by the terms of both the pdfTeX copyright and
the Lesser GNU General Public License.
For more information about these matters, see the file
named COPYING and the pdfTeX source.
Primary author of pdfTeX: Han The Thanh (pdfTeX) et al.
Compiled with libpng 1.6.37; using libpng 1.6.37
Compiled with zlib 1.2.11; using zlib 1.2.11
Compiled with xpdf version 4.02

版本控制

偶尔会为default环境添加新版本，以添加新包并通常保持其更新。如果您想使用较旧版本，可以使用以下命令列出可用版本：

$ lb-conda --list default
2019-12-26
2020-05-14

可以使用以下方法显式选择2020-05-14版本：

$ lb-conda default/2020-05-14 bash

自定义

由于使用的conda环境安装在只读CVMFS文件系统中，因此通常的pip install和conda install命令将不会工作。提供了两种选项来允许自定义环境。

安装额外的Python包

这是首选选项，因为大部分数据将保留在CVMFS中，它通过在CVMFS安装的环境中创建虚拟环境来实现。然而，它仅允许安装pip安装的Python包和本地构建的软件。

在本地目录（“my-local-directory”）中创建虚拟环境，运行：

$ lb-conda-dev virtual-env default my-local-directory

现在可以使用run脚本以类似于lb-conda default的方式使用环境

$ my-local-directory/run bash

要升级uproot Python包，运行：

$ my-local-directory/run bahs
[bash-5.0]$ python -c 'import uproot; print(uproot.__version__)'
3.11.6  # <- Original version
[bash-5.0]$ pip install --upgrade uproot
Collecting uproot
# Truncated output
Successfully installed uproot-3.11.7
[bash-5.0]$ python -c 'import uproot; print(uproot.__version__)'
3.11.7  # <- New version

要将本地编译的应用程序安装到虚拟环境中，您应该将安装前缀设置为您的本地目录的绝对路径。具体如何操作将取决于特定应用程序使用的构建系统。

完全自定义环境

不建议使用此选项，尤其是在运行在AFS/EOS上时，因为它会导致大量数据和许多小文件被复制到您的本地目录。然而，它确实允许您完全克隆环境，然后进行任何修改。

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高级用法

使用非默认环境

要查看所有可用环境的完整列表，请运行：

$ lb-conda --list
B2OC/b2dstdspi-gpu
B2OC/b2dstdspi
Charm/D02KsHH
Semilep/rdst
default
DPA/analysis-productions-certification
DPA/analysis-productions

然后可以使用其名称选择自定义环境

$ lb-conda Charm/D02KsHH python --version
Python 3.6.5 :: Anaconda, Inc.

在默认环境中建议新或升级的包

请在此处提交问题，说明应添加/升级的内容以及原因。

将新环境添加到CVMFS

这尚未广泛可用。如果您有强烈理由添加环境，请在此处提交问题，说明您的需求。

从CI作业访问conda环境。

为作业添加标签cvmfs，以便在挂载了CVMFS的共享运行器中执行，并源LbEnv环境。

testjob:
  tags:
    - cvmfs
  before_script:
    - source /cvmfs/lhcb.cern.ch/lib/LbEnv
  script:
    - lb-conda default snakemake -j