围绕GROMACS工具的Python包装器。
项目描述
一个围绕Gromacs工具的原始Python包装器。库与GROMACS 4.6.5、2018.x、2019.x、2020.x、2021.x、2022.x、2023.x、2024.x（以及5.x和2016.x也应正常工作）进行了测试。它支持Linux和macOS上的Python 3.9–3.12。
郭罗姆克斯包装器还提供了一组常用配方和辅助函数的小型库，用于设置MD模拟。
文档主要通过python文档字符串提供，可在https://gromacswrapper.readthedocs.org找到最新版本。
源代码可在GromacsWrapper git 仓库中获取。
请注意，该软件仅进行最小限度的维护，并且肯定包含错误。确保您使用合理的参数进行模拟是您的责任。
快速入门
给定一个PDB文件1iee.pdb，设置并运行一个简单的模拟（假设您已准备好所有其他输入文件，如MDP文件）
>>> import gromacs
>>> print(gromacs.release)
2018.2
>>> help(gromacs.pdb2gmx)
DESCRIPTION
gmx pdb2gmx reads a .pdb (or .gro) file, reads some database files,
adds hydrogens to the molecules and generates coordinates in GROMACS
...
...
OPTIONS
Options to specify input files:
-f [<.gro/.g96/...>] (eiwit.pdb)
Structure file: gro g96 pdb brk ent esp tpr
...
...
>>> gromacs.pdb2gmx(f="1iee.pdb", o="protein.gro", p="topol.top",
... ff="oplsaa", water="tip4p")
>>> gromacs.editconf(f="protein.gro", o="boxed.gro",
... bt="dodecahedron", d=1.5, princ=True,
... input="Protein")
>>> gromacs.solvate(cp="boxed.gro", cs="tip4p", p="topol.top",
... o="solvated.gro")
>>> gromacs.grompp(f="emin.mdp", c="solvated.gro", p="topol.top",
... o="emin.tpr")
>>> gromacs.mdrun(v=True, deffnm="emin")
>>> gromacs.grompp(f="md.mdp", c="emin.gro", p="topol.top", o="md.tpr")
>>> gromacs.mdrun(v=True, deffnm="md")
许可证
GromacsWrapper软件包根据GNU公共许可证v3（或您选择的任何更高版本）提供，除非以下所述。请参阅COPYING文件以获取所有模块的许可条款。
安装
版本
您可以使用以下方式安装来自PyPi的GromacsWrapper的最新版本：
pip install GromacsWrapper
或作为conda-forge软件包，通过conda从conda-forge通道安装
conda install -c conda-forge gromacswrapper
开发版本
GitHub源代码库中的main分支通常包含有用的代码，但仍然可能会以奇特而美妙的方式出现错误。请通过问题跟踪器报告问题。
要使用开发代码库：检出main分支
git clone https://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper.git
然后安装
pip install GromacsWrapper/
下载和可用性
GromacsWrapper的主页是http://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper。该软件包的最新版本可通过https://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper/releases提供。
您还可以克隆GromacsWrapper git 仓库或为其自己的开发进行分支。
git clone git://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper.git
问题
请在讨论论坛（而不是私人电子邮件）中提问。
报告错误和为GromacsWrapper做出贡献
请使用问题跟踪器报告错误、安装问题和功能请求。在讨论论坛中提问。
拉取请求非常欢迎。有关如何提交拉取请求和为开源项目做出贡献的介绍，请参阅http://makeapullrequest.com。
构建文档
安装Sphinx
pip install sphinx
然后编译
cd GromacsWrapper python setup.py build_sphinx
引用
GromacsWrapper由Oliver Beckstein编写，许多其他人也做出了贡献。请参阅文件AUTHORS以获取所有名字。
如果您发现这个软件包很有用，并在已发表的论文中使用它，我将非常感激，如果它在正文中得到认可，如
“…使用GromacsWrapper（Oliver Beckstein等，https://github.com/Becksteinlab/GromacsWrapper doi: 10.5281/zenodo.17901）”
或在致谢部分。
谢谢。
下载文件
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