FluGibson 1.2

# FluGibson


一个用于从病毒cDNA克隆流感聚合酶片段引物的工具。

# 安装

安装需要以下包

1. networkx

2. biopython

3. pandas（可选）

4. matplotlib（可选）

从Github

1. 将此存储库作为Zip文件下载。

2. 解压文件。

3. 在您的终端中，导航到FluGibson目录。

4. 运行命令：python setup.py install

从PyPI

1. （如适用）切换到您的正确Python环境。

2. 运行命令：pip install FluGibson

使用Conda

1. （如适用）切换到您的正确Python环境。

2. 运行命令：conda install FluGibson

# 使用

## 脚本化

使用FluGibson的一种方法是使用在/examples目录中提供的脚本。将脚本复制到您的工作目录。

创建包含您想拼接的DNA部分的FASTA格式文件。例如，您会使用以下FASTA定义来拼接以下3个部分

>PART_1 >CATCTATCTCTCTACTGCGAGGCTATTCGACTGGCCGTTACTCGCCGGTACGTAGCTCGGTCTCGATCATCAGTACGTCTACGTGTCGTCGTACTTACACGGTCGCTCGGACTGACGTACGTCTACGTCGTCTGACTGA

>PART_2 >CTACTGTCTGCTGATGGTACGTACGTGAGTACGCGCAGCACAGACACTACTTACTCTCGCGCGAGAGCTATCTACGACTACGTACTCGTCGTACGAGCTGACTGATCGACGTAGCTTGACGTACGTATCACGTACGTATCG

>PART_3 >CAGCTTCGGCGCGATTACTCTACGAGCACGACGCAGCTGTCGCTGTCTGGTCTACGCTAGCGCTACGACTATCGATCAGCGTCGTACTGACGTGACGCGCATCGACGTTCGGACGTCGTCGTCGTACGACGTCTACGATGC

部分将按照顺序PART_1–>PART_2–>PART_3连接。

要生成包含所有引物的CSV文件，请在命令行中运行python compute_primers.py。您将获得一个名为all_primers.csv的CSV文件，其中包含您需要订购的引物。

变更日志

## 版本 1.2

添加了一个将一个核苷酸序列转换为另一个序列的类，使用Gibson组装引物。