Rust对MinCED算法的重新实现，用于在环境数据中检测CRISPR实例。

项目描述

🔪🧅 Diced

Rust对MinCED算法的重新实现，用于在环境数据中检测CRISPRs。

🗺️ 概览

MinCED 是由 Connor T. Skennerton 开发的一种方法，用于在分离和宏基因组组装基因组中识别成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPRs）。它源于 CRISPR 识别工具 [1]。它使用快速扫描算法来识别候选重复序列，并结合扩展步骤来查找基因组中具有 CRISPR 重复序列的最大跨度区域。

Diced 是 MinCED 方法的 Rust 实现，以原始 Java 代码为参考。它产生与 MinCED 完全相同的结果，修正了一些错误，并且速度更快。Diced 实现作为 Rust 库提供，以便于使用。

这是 Python 版本，同样也提供了一个 Rust 包。

📋 特性

库接口：Rust 实现被编写为库，以促进在其他项目中的重用。它用于通过 PyO3 实现一个 Python 库，以生成原生扩展。
单一依赖：Pyrodigal 作为 Python 包分发，因此您可以将其添加到项目中作为依赖项，并无需担心 Prodigal 二进制文件在最终用户机器上存在。
零拷贝：如果提供简单的 &str 引用，则遍历候选 CRISPRs 的 Scanner 是零拷贝的，但它也支持诸如 Rc<str> 或 Arc<str> 之类的智能指针背后的数据。
快速字符串匹配：Java 实现使用了手写的 Boyer-Moore 算法 [2]，而 Rust 实现使用标准库中的 str::find 方法，该方法实现了双向算法 [3]。此外，可以使用 memchr 包作为 memmem 函数的快速 SIMD 兼容实现。

💡 示例

Diced 支持字符串格式的任何序列。

import Bio.SeqIO
import diced

record = Bio.SeqIO.read("diced/tests/data/Aquifex_aeolicus_VF5.fna", "fasta")
sequence = str(record.seq)

for crispr in diced.scan(sequence):
    print(
        crispr.start,
        crispr.end,
        len(crispr.repeats),
        crispr.repeats[0],
    )

💭 反馈

⚠️ 问题跟踪器

发现了一个错误？有改进请求吗？如果您需要报告或询问，请访问 GitHub 问题跟踪器。如果您正在提交错误报告，请尽可能提供关于问题的信息，并尝试在简单、易于复制的环境中重现相同的错误。

📋 更新日志

此项目遵循语义版本控制，并在更新日志中提供保持更新日志格式。

⚖️ 许可证

此库在开源 GPLv3 许可证或更高版本下提供。此实现的代码是从 MinCED 源代码衍生的，该代码也以 GPLv3 许可证提供。

此项目与原始 MinCED 作者没有任何关联、赞助或任何形式的认可。它是由 Martin Larralde 在莱顿大学医学中心的 Zeller 团队的博士项目中开发的。

📚 参考文献

[1] Bland, C., Ramsey, T. L., Sabree, F., Lowe, M., Brown, K., Kyrpides, N. C., & Hugenholtz, P. (2007). 'CRISPR识别工具（CRT）：一种用于自动检测成簇规律间隔回文重复序列的工具'. 生物信息学杂志, 8, 209. PMID:17577412 doi:10.1186/1471-2105-8-209.
[2] Boyer, R. S. 和 Moore, J. S. (1977). '一种快速字符串搜索算法'. 计算机通信, 20, 10 762–772. doi:10.1145/359842.359859
[3] Crochemore, M. & Perrin, D. (1991). '双向字符串匹配'. 计算机学会会刊, 38, 3, 650–674. doi:10.1145/116825.116845

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2024年6月19日

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算法	哈希摘要
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MD5	`e5cdeadc012aec940bddb03dd0ddaa26`
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算法	哈希摘要
SHA256	`b8af9882323a298feb847ba90a59f78070fe72c75ddd713f7c92beca417ae9bd`
MD5	`f4451ef67cd2abd79711c3b8fc43a707`
BLAKE2b-256	`f2bce670c60179cabaea248d67b8823ca4f5de02a72618273a6ff1bc20b55dcb`

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算法	哈希摘要
SHA256	`fb6732383f6d0f28c474514d944fac63320b9dc74e8841efe9cf6f66189ad68e`
MD5	`fb65b859a0d13d5cbd97af39b2c4c968`
BLAKE2b-256	`8d2bfaeebad9b20636f6c0609a7ff2f4e24474989a829a2018ff901583c0c30f`

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算法	哈希摘要
SHA256	`1ef877bc899c768589259e35f1866ee03190e936e9fda971461cc7e26bfcec9e`
MD5	`0fdc5a3b8d20893002af9e67c1beab92`
BLAKE2b-256	`42f6c39595008cca9c5ffab1451077ff736f9b708fbfc79575f679166f00f84e`

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diced-0.1.1-pp310-pypy310_pp73-macosx_10_15_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`0752ddd02095e4994f1307bacc096af2b791f8ffdf003ca776e6245e8d64da9b`
MD5	`359b6d695c34df16692b567560f273b4`
BLAKE2b-256	`5fb09efd6ce3aaab6253379fbf6eb74a51cc7abbef948b348da6d98441e7cd48`

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算法	哈希摘要
SHA256	`52892346e3dc6d9a0d86fe7f8f69cf2bcb007e469e7c63f9f25ce49b81e9c25d`
MD5	`46c24caa617169b174c19351bbb46531`
BLAKE2b-256	`9a765cb46029b319f1b6c6e10505c7ef3a194fcb054059dda7fb287c9d8c5c45`

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算法	哈希摘要
SHA256	`75e386c340173beb289de9212696d0f9a078e6d6bee9a15747076a693b8d71f7`
MD5	`88f06dbc89749b7b95f7365568b3c1da`
BLAKE2b-256	`4bc6280619af5577be7d1573d37b627371ac6d8ecaff598be5d7b2c1c38f9f57`

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算法	哈希摘要
SHA256	`122aca08bc3fba28eb77966fb2aabad87c9b0ce1f13ff0e79d211007c331515f`
MD5	`0bb17fe6db0647199c7309a4fd8f4474`
BLAKE2b-256	`de999d8e52783fcb1fac333bf208395263145754efe250da813519723964e80a`

哈希值 for diced-0.1.1-pp39-pypy39_pp73-macosx_10_15_x86_64.whl

哈希值 for diced-0.1.1-pp39-pypy39_pp73-macosx_10_15_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`dd3cb4709bfa942fef362564058b3a409ea664af422c2b2cc0baa8afbc1c4703`
MD5	`5a02f6dd93c5edfbd9ef95641d1a3901`
BLAKE2b-256	`29934bf2f596d879e579a6e605d3264f989b3886f32e7231a6070e448ee06e68`

哈希值 for diced-0.1.1-pp38-pypy38_pp73-win_amd64.whl

哈希值 for diced-0.1.1-pp38-pypy38_pp73-win_amd64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`75101dfab2a9b97c41990c2462a0a06c819bb6e63019da4bbeb57f31cd79725c`
MD5	`a2611d953dcd386a52683d0ca212fef3`
BLAKE2b-256	`7fdcee6e80e9584f602ed9c6750a989b9b353b2252b1bd7dd045ed51ce1871b9`

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算法	哈希摘要
SHA256	`c37a6c8673d71a6dbfd10e7122d38a3686db9ca61659a75ba53fe2c28e86bd73`
MD5	`8bc2097ea3547d99404c312d4277b61d`
BLAKE2b-256	`a44f3c3e0e8cfb6b41b73a7b71ba1292a4fc24c1b4b40efbddbe90554150d604`

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哈希值 for diced-0.1.1-pp38-pypy38_pp73-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`7f1e48b5af026da5a82c74e53b3d892f2385e2308f2de4b394b024d37b407bb2`
MD5	`82d0b65905b4ad38fc1aae1c38951dbb`
BLAKE2b-256	`70284c2da4d534fb38fdf41430b93cd2f41b6624a468956e601efa9ae1e40d81`

哈希值 for diced-0.1.1-pp38-pypy38_pp73-macosx_10_9_x86_64.whl

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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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用于 diced-0.1.1-cp312-cp312-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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用于 diced-0.1.1-cp312-cp312-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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用于 diced-0.1.1-cp311-cp311-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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用于 diced-0.1.1-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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用于 diced-0.1.1-cp311-cp311-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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哈希值用于 diced-0.1.1-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl

用于 diced-0.1.1-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`d4ff818bd77f3041da2cc59a5d96c4b70fc3604036675f157692003b48231010`
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哈希值用于 diced-0.1.1-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl

用于 diced-0.1.1-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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用于 diced-0.1.1-cp310-cp310-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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用于 diced-0.1.1-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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哈希值用于 diced-0.1.1-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

用于 diced-0.1.1-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`6015d80a5caf78df8e4a3eadc00f198a8f63e4bc895a9f10d15ccc7f2a4e02fb`
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BLAKE2b-256	`7448cd24fea4b83d43ebb37e4a5e6431f8deebdfa159d87e404b62eafd46af7c`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl

用于 diced-0.1.1-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`ecd042fb34d08f4194a3d71b1f8a71855eb882a4d6cf72e73af2e2e24673b76e`
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哈希值用于 diced-0.1.1-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl

用于 diced-0.1.1-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`506f956c922c0b87f0fd466feb5ff8c0bbe7d8e48aac58b1d07beaffa198a870`
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BLAKE2b-256	`5a3ee18778a1659d1a9cc475c0159ae5e696610090478603ecc852160cf9a6d3`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp39-cp39-win_amd64.whl

diced-0.1.1-cp39-cp39-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`4dbca9cee2a76fe11388bf5d8f8aed2243cabb9504e7fa117261a2aa4d24c7a1`
MD5	`b86488a7347ef77bcea9c6ef3769c082`
BLAKE2b-256	`52f540ff14c1d61409168b7ad2e021f43126ac5ea2b82e7e9f7d007626ff44da`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

diced-0.1.1-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`877c6f4962f830381a48cb03742ca856dea71b9ee27a85a9c5c452bd353532e3`
MD5	`d166c5072c6f890307f5d0e9c9ae35c5`
BLAKE2b-256	`4fbf06156d1b15c1c7836ccc4311c85e3e1a6a5c4cf265aa8e8246b77d5150fe`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

diced-0.1.1-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`110195a727d0be259ccc7e87174b741987b094b1f0ee7d7489add8a4b61cd820`
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BLAKE2b-256	`374b66277e9af4ad44dc77e3c8f266147a804f35543944216a4d8c43fc2608fd`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl

diced-0.1.1-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`5cec87868da5a5102753638e132e3d7465f74a901f8aef951b18c3d5e2ebbe90`
MD5	`5dd911442c2947f4c2b3c246738df754`
BLAKE2b-256	`c3479bc95d67e88f211802155fd7f98c588cb98d4c0673bcb52b1470e6b1f9e2`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl

diced-0.1.1-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`a34b95035cc51bc81de70a9e06896a5246f90ad3983a225cb5fab411b92e8b5d`
MD5	`d349198ab1e9f820844b17ca539ac76c`
BLAKE2b-256	`e0966a471b9f4c89c6243cc65e3049f5a6a0f307d7c92718d4c119a674d4b541`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp38-cp38-win_amd64.whl

diced-0.1.1-cp38-cp38-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`17c1fc1b9244ad15ac5f53411dfd7ddbbfcbd127198cec186aedf4ab99e6fc60`
MD5	`9a4e1c7b1180a9ba4607bca0b13bc700`
BLAKE2b-256	`4b16d3c0e8f670a44ae27cb61353f67d7eb04bfa0696d0d1efc85ee4ee520b3b`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

diced-0.1.1-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`76dc50ded935480e804afe6747cf448a55b57e931c96e38906e9881256f9b137`
MD5	`f273f6de6122d226a09621a5e3a567c8`
BLAKE2b-256	`c8044b592c55e809d5abfeb29b956ef7d026b0bd6b36f36d5710b86a6c75c4bc`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp38-cp38-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

diced-0.1.1-cp38-cp38-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`993969abd38a19c6f976a97c759a800209de803890e3e08df833f8236351a52e`
MD5	`2045524c4fc58eb004721849859f139b`
BLAKE2b-256	`ee044cb69b0a868fc24741a6c014c5ff02410dd856c5c618bfc93eee83630ab5`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl

diced-0.1.1-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`d92a12204f4336502018cb0963d35c6f28043b1c78a885073b4ff9dc5cf15354`
MD5	`df21b9ce5046a16e316f9c43f0c9c2c6`
BLAKE2b-256	`226ce92430f8276bddc73ad6614714bc9c39f2a7462800e30df3b99c2b8449e1`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl

diced-0.1.1-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`6374e124b88de63ee322632ad406e2ed368d6fb47e2fd6826e6299e07b0728bc`
MD5	`7d59974f732728dfa33b85a19ff53699`
BLAKE2b-256	`3351465ae3dcbb992e08680301ec3b78da70df1fcf5701f5b9ef2c4710df2a4a`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl

diced-0.1.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`24cd728306f734175fdc5515090273b7d60139247c5d58852caf7d3aee9f3001`
MD5	`bd5067db8da82c5db09c406d240b87e5`
BLAKE2b-256	`e9ec4480d9aa32b26273e6f74437616107aee6d88eb61a9bd3af0b7770bc85f2`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp37-cp37m-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

diced-0.1.1-cp37-cp37m-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`a5845e7adf2b27a4cadf5e4031cfbf49bb2ef244ac9a62ce65c763d34b127304`
MD5	`12e073abcbedf3c751aa0c666569fae8`
BLAKE2b-256	`936deba236671259a45f1ba8c4694bbcf124f146d7bcbe0061cdaa8acde4ec14`

哈希值用于 diced-0.1.1-cp37-cp37m-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

diced-0.1.1-cp37-cp37m-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`d60495b041273721cde61a73a24ab409fd627dad4beeb73f7aa9dff7630a5a73`
MD5	`4392f5a7ef613055506580a16dff2566`
BLAKE2b-256	`235f3eececfab9ae036b5df69684f18d367470d4aeb59b340c10b98b54151cb5`

散列值用于diced-0.1.1-cp37-cp37m-macosx_10_9_x86_64.whl

散列值用于diced-0.1.1-cp37-cp37m-macosx_10_9_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`acc6aec13ec84f655d0e1a54c9e88b6b9a334901204c14a7b50eb60197040ecd`
MD5	`614dd9f19084a6b4de361a5015f4f3cf`
BLAKE2b-256	`2216e3f2f6e959e74b1f86d1fa46b32533bfd74405fc815d898ca1af0683c97e`

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